O SINASEFE foi criado em 11 de novembro de 1988 pelo I ENCONTRO NACIONAL DAS ASSOCIAÇÕES DE SERVIDORES DAS ESCOLAS FEDERAIS DE 1° E 2° GRAUS, em Salvador – Bahia, logo após a conquista do direito de sindicalização dos servidores públicos, inscrito na Constituição Federal de 1988. Dez anos depois, no Congresso de 1998, a entidade passa a se chamar Sindicato Nacional dos Servidores Federais da Educação Básica e Profissional.

O SINASEFE está organizado em 54 Seções Sindicais e representa cerca de 18.000 docentes e técnicos administrativos sindicalizados, de um universo de 25 mil trabalhadores e trabalhadoras lotados nas Escolas Agrotécnicas e Técnicas Federais, Centros Federais de Educação Tecnológica e Colégio Pedro II do Rio de Janeiro.